BioInformatique (BIM)

Le parcours bioinformatique BIM a pour objectif de former des étudiants biologistes aux approches de bio-informatique et de modélisation (modélisation moléculaire ou des systèmes). Les enseignements proposés par le Master SV et l'école Polytech'Nice permettront aux étudiants d'acquérir, en plus des compétences en biologie, des compétences en mathématiques, statistiques, algorithmique, programmation, systèmes informatiques et réseaux, bases de données, fouilles de données et modélisation. Les applications sont multiples, de la santé aux sciences environnementales.

Profil du candidat au Master Sciences du Vivant Parcours BIM 

Le parcours Bioinformatique BIM du Master Sciences du Vivant de l'Université de Nice-Sophia Antipolis est destiné aux étudiants ayant une solide formation en biologie et ayant eu une première approche de la programmation au sein d'un cursus précédent à visée multidisciplinaire (comme le Parcours BIM de la L3 de l'Université de Nice-Sophia Antipolis), ou pouvant démontrer de compétences spécifiques aux mathématiques et à la programmation.

Candidature (Master SV)

Objectif du Parcours BIM 

Les étudiants du Master Parcours BIM pourront acquérir les compétences en biologie (Omiques, Imagerie, Biologie structurale, Dynamique moléculaire), en mathématiques (Statistiques, Fouilles de données, Modélisation) et en informatique (Algorithmique, Programmation, Bases de données, Gestion de projet informatique) qui leur permettront de s'adapter pour relever les fis actuels et futurs de recherche et développement  : gérer, interpréter, modéliser les nombreuses données numériques en sciences de la vie.

Organisation du Parcours BIM et Mutualisation avec Polytech'Nice 

logo polytech

Le parcours BIM permet aux étudiants de suivre des enseignements du Master Sciences de la vie tout en bénéficiant des enseignements notamment en mathématiques, informatique et modélisation dispensés dans le parcours Génie Biologique (GB) Option Bioinformatique et Modélisation pour la Biologie (BIMB) de l'école d'ingénieur de Polytech'Nice. Les enseignements du S2 (M1) sont en partie en commun avec les enseignements de deuxième année (GB4) et ceux du S3 (M2) avec les enseignements de troisième année (GB5) d'école d'ingénieur. Certains modules nécessitent de posséder un ordinateur portable. Les étudiants auront accès à des serveurs de calculs.

Les enseignements des UE spécifiques aux étudiants du Master Sciences de la vie auront lieu sur le campus de la faculté des sciences au Parc Valrose à Nice. Les enseignements des UE mutualisées avec le parcours Génie Biologique Option BIMB de Polytech'Nice seront dispensés sur le campus SophiaTech à Sophia-Antipolis.

Pour plus d'informations sur le lien entre les deux formations : http://masterbim.unice.fr/

La Plaquette du Parcours BIM (Bioinformatique) est Ici

 Plaquette BIM JPG

Contenu de l'enseignement du Parcours BIM

De part son approche multidisciplinaire, le parcours BIM cessite 3 semestres complets d'enseignements (S1, S2 et S3). La formation est complétée par la réalisation de projets scientifiques : 

  • un projet tutoré au S1 

  • un stage de deux mois minimum au S2  

  • un stage de 6 mois minimum au S4. 

  • De nombreux projets au sein de chacune des UE 

Biologie / Bioinformatique : Technologies Omiques et analyses de données omiques, Biologie structurale, Drug design et toxicologie moléculaire, Modélisation moléculaire, Techniques de simulation de systèmes biologiques, Modélisation de réseaux biologiques, UE choisies pour la coloration du parcours

Mathématiques : Statistiques, Analyse de données, Fouilles de données 

Informatique :  Administration systèmes et réseaux, Algorithmique pour la biologie, Programmation Objet et Java, Bases de données, Bases de données avancées et interfaces, Génie logiciel

Compétences transversales : Communication scientifique, Anglais scientifique, Propriété intellectuelle et Innovation.

Coloration du Parcours BIM 

Chaque étudiant pourra colorer son parcours BIM en fonction de son domaine de prédilection en biologie par le choix de certaines UE optionnelles et le choix des sujets de stage en M1 et en M2 en renforçant ainsi ses connaissances et compétences dans ce domaine choisi :  génomique, neurobiologie, sciences végétales, génétique évolutive, biologie structurale ou imagerie.  

Les UE optionnelles à la carte sont choisies parmi les UE du Master Sciences de la vie ou parmi les UE dispensées en langue anglaise du Diplôme d'établissement Biocontrol Solutions for Plant Health (BOOST) (à choisir en fonction des compatibilités).

Stages de M1 et de M2  

Les stages de M1 et de M2 peuvent être effectués dans le périmètre local, national ou international. 

Les étudiants du Parcours BIM doivent effectuer un stage en M1 (2 mois mimimum) et  un stage en M2 (6 mois minimum). Les étudiants sont évalués par la rédaction d'un rapport de stage et de soutenances de mi-stage et de fin de stage. Pour les étudiants en stage à l'étranger, les soutenances de stage se font à distance. 

Les offres de stages des équipes de recherche sont disponibles sur un site dédié aux étudiants en début d'année. Des visites d'instituts sont organisées par le Master pour rencontrer les différents tuteurs des stages proposés. De plus, lors du projet tutoré de M1, les étudiants seront en formation dans les différentes plateformes bioinformatiques de la région et pourront se familiariser avec les approches bioinformatiques et les domaines traités dans la région niçoise. 

Des appels à Projets Université Côte d'Azur UCA "stages environnés" permettent de financer des stages multidisciplinaires en binôme afin de favoriser les collaborations entre disciplines (cf Appel 2017)

Liste des laboratoires d'accueil locaux : 

  • IRCAN  Institut for Research on Cancer and Aging, Nice 

  • I3S Laboratoire d'Informatique, Signaux et Systèmes de Sophia Antipolis 

  • IPMC-CNRS  Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire, Sophia-Antipolis (UMR7275 CNRS, UNS) 

  • ISA-INRA  Institut Sophia Agrobiotech (UMR Inra 1355, CNRS 7254, UNS) 

  • C3M Centre Méditerranéen de Médecine Moléculaire, Nice
  • iBVInstitut de Biologie Valrose (CNRS 7277 - INSERM U 1091)

  • INRIA  Méditérranée, Sophia- Antipolis

Liste des équipes d'accueil locaux :

Insertion Professionnelle 

Les étudiants à la suite du Master Sciences de la vie peuvent s'intégrer dans les projets de recherche ou de développement directement après le Master. 

Type d'emploi : ingénieur d'étude, développeur, biostatisticien, bioanalyste, biomodélisateur 

Lieu : laboratoires publics, centres hospitalo-universitaires, plateformes technologiques, centres de R&D privés 

La poursuite en thèse dans des laboratoires publics ou privés permet d'accéder aux postes de niveau doctorat (phD) comme pour les concours d'ingénieur de recherche, de chercheurs ou enseignants-chercheurs.  

Poursuite d'études en doctorat  

Les étudiants du Parcours BIM ayant un laboratoire d'accueil pour effectuer une thèse dans la région peuvent postuler pour obtenir une allocation de recherche doctorale de l'Université Côte d'Azur attribuées par concours par les écoles doctorales : l'école doctorale des sciences de la vie (ED85) et l'école doctorale de Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication (STIC).

D'autres demandes de financements doctoraux peuvent être effectués par les laboratoires d'accueil : allocations ciblées de l'IdEx Université Côte d'Azur, allocations des LabEx (SIGNALIFEUCN@SOPHIA), allocations du Conseil Régional PACA attribuées sur dossier lié au sujet de thèse, financements CIFRE délivrés par l'ANRT pour les sujets communs à une industrie et une équipe de recherche relevant de l'ED  choisie, bourses d'organismes caritatifs (en particulier en santé).

Les doctorants peuvent demander à faire des vacations d'enseignement (64 heures par an dans le cas de la réussite au concours DCCE). Les étudiants doctorants provenant du parcours BIM ayant obtenu une charge d'enseignement à l'Université de Nice Sophia-Antipolis seront intégrés à l'équipe pédagogique "Outils pour le biologie" du département des Sciences de la vie.

Contact

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Biologie, Informatique et Mathématiques (BIM):

UNS : et

Polytech'Nice :